La paleobotánica nos informa acerca del paisaje, el clima, la alimentación y la artesanía de las comunidades pasadas. Para ello, es necesario recuperar restos orgánicos pocas veces observables a simple vista durante la excavación. A tal fin se utiliza un sistema basado en la flotación hídrica de una muestra de los sedimentos extraídos en el yacimiento.
El dispositivo consta de tres depósitos cilíndricos verticales, construidos en polipropileno (PPH) de capacidades de 300, 700 y 850 litros, de los cuales los dos últimos actúan como decantador de partículas sólidas y el primero aloja el circuito que permite separar el sedimento de las partes más ligeras mediante chorros de agua dirigidos. De esta forma se obtiene una máquina autónoma de circuito cerrado con un bajo consumo de agua. El sedimento pesado (arenas y gravas, restos óseos, diminutos objetos de piedra, metal, concha o vidrio, etc.) se depositan en una malla fina sobre una placa perforada en el primer depósito, mientras que el sedimento ligero (tallos, semillas, raíces, fibras, carbones de madera, etc.) se recoge en una segunda criba situada bajo un vertedor que conduce de la primera a la segunda cuba. La presión está suministrada por una bomba hidráulica, cuya salida puede ser regulada para adecuarla a la granulometría y el volumen de los sedimentos procesados.
Los restos vegetales recuperados indican que el paisaje de La Bastida en época argárica era muy distinto al que contemplamos hoy. Eran abundantes los bosques de ribera a lo largo de los cursos fluviales, en aquel entonces de carácter permanente. Los montes estaban cubiertos de acebuches, lentiscos y coscojas en formaciones más o menos densas. La incidencia de la economía argárica a través de la agricultura cerealista, la ganadería, la metalurgia y la alfarería conllevó una importante deforestación y la aridificación sobre todo de los llanos.
Los restos de vegetales leñosos hallados en contextos habitacionales informan de que la madera se utilizó como combustible, como material constructivo (postes, vigas) y para la fabricación de artefactos. Así, algunos mangos se preparaban con madera frondosa y densa, como la encina o coscoja, para evitar su astillamiento, tal y como muestran los restos leñosos adheridos al hacha depositada en una de las tumbas de La Bastida.
Por otro lado, los restos de semillas y frutos apuntan a una alimentación cerealista (cebada y algo de trigo) como dieta básica, complementada con legumbres (habas), higos y moras, entre otras especies. En momentos avanzados del periodo argárico se asiste a una reducción drástica de la variedad de especies alimenticias, en favor de un monocultivo centrado en la cebada que requirió campos de cultivo cada vez más extensos.